Du har helt rätt i att det möjligen finns en säkerhetskopia av Windows sparad på en annan partition. Så vitt jag kommer ihåg skapar Windows under installationen själv också en partition med diverse filer som behövs för att systemet ska fungera. Detta kan också vara D-partitionen du ser.
Jag skulle säga att det förmodligen är helt riskfritt att ta bort samtliga partitoner och därefter installera Windows direkt på den tomma hårddisken som blir kvar efter att alla partitioner är borttagna.
Du kan ju också välja att lämna D-partitionen om du skulle vilja. Att kopiera den till ett USB-minne eller liknande kanske går på något sätt. Dock gissar jag att det blir svårt att faktiskt använda de kopierade filerna på något vettigt sätt, då de (förmodligen) är filer som Windows själv skapade när det installerades första gången.
